Plusieurs hypothèses ont été émises sur l'origine du drapeau à tête de Maure.

C'est, selon l'historien Pierre ANTONETTI, l'image la plus fidèle des armes de la Corse dans la période paoline.

Elle apparait dans l'édition de 1764 de la Giustificazione della Rivoluzione di Corsica.

Ce professeur rappelle que "l'emblème n'est pas né dans notre île".

Le drapeau corse serait d'origine ARAGONAISE.

Il représentait un roi sarrasin vaincu lors des croisades. Le Maure avait alors les yeux bandés.

L’emblème de la tête de Maure fut utilisé pendant près d’un siècle, et ce n’est qu’en 1387 que le Roi Jean 1er revient au sceau à 4 pals de ses ancêtres. Il fut conservé par ses successeurs tant que dura le royaume d’Aragon.

Autre hypothèse, celle émise par Michel Vergé-Franceschi, historien et professeur émérite des universités :

Selon lui, la tête de Maure sur fond blanc serait celle de Saint Maurice d'Agaune, saint noir et égyptien, martyrisé à Trèves en 303.

La tête de Maure apparaît pour la première fois vers 1281 : le roi d'Aragon, Pierre III le Grand utilisait un sceau composé d'une croix et quatre têtes de Maure, que l'on retrouve dans les armes de la ville de CAGLIARI et depuis 1952 sur l'actuel drapeau Sarde.

En 1297, les rois d'Aragon reçurent du pape Boniface VIII l'investiture du Royaume de Sardaigne et de Corse.

En 1736, débarquait à Aléria un baron Allemand paré de titres prestigieux. Ce baron, Théodore de Neuhoff qui sera proclamé au couvent d'ALESANI premier Roi de Corse et dont l'aventure largement commentée à travers l'Europe, ne durera que six mois, laissera le souvenir impérissable de sa "croisade", de sa monnaie, la zecca, frappée en 1736 et de son drapeau sur lequel figurait une tête de Maure portant un bandeau sur les yeux.

Ce drapeau deviendra, l'emblème officiel de la nation Corse avec le Général Paoli qui décidera de relever le bandeau placé sur les yeux (signe d’esclavage) dans les armes de Théodore.